Eine häufige Ursache der gastroösophagealen Refluxkrankheit ist eine Anomalie des Magens, die man Hiatushernie nennt.
Dabei bewegt sich der obere Teil des Magens mit dem unteren Ösophagussphinkter (LES) über das Zwerchfell, den Muskel, der Magen und Brustkorb trennt. Im Normalzustand hilft das Zwerchfell den Magen in Position zu halten und verhindert so, das Aufsteigen der Magensäure in der Speiseröhre. Durch die Hiatushernie, den Zwerchfellbruch, eine Bindegewebsschwäche, kann die Aufgabe jedoch nicht mehr zu 100% erfüllt werden und der LES kann die Magensäure nicht mehr zurück halten. Es kommt zum Reflux, dem Rückfluß von Magensäure in die Speiseröhre.